Na de inval van Nederland in 1940 bouwden de Duitsers de Nederlandse vliegvelden volgens een vast schema om tot Fliegerhorsten.
Fliegerhorst Soesterberg kreeg daarbij de status van Truppenübungsplatz. Veel kenmerken van de huidige vliegbasis zijn
terug te voeren op de Duitse periode:
• De start- en landingsbanen werden verlengd en verhard. Naast de huidige twee banen was er nog een derde baan, de Duitse baan die later is verwijderd.
• Splitterboxen (bij het munitiepark) dienden als parkeerplaatsen voor vliegtuigen met aarden wallen eromheen waarover camouflagenetten getrokken konden worden.
• Rond de landingsbanen werden rolbanen en opstelplaatsen aangelegd. Deze infrastructuur, ‘Luftpark’ genoemd, is nog steeds herkenbaar in de ‘Middle-East’, het noordelijk bosgebied en rond de bestaande start- en landingsbanen.
• Waldlagers waren onderkomens voor de troepen die zo werden gebouwd dat ze moeilijk van de omliggende bebouwing waren te onderscheiden. Rond Soesterberg ging het om het Jessurunkamp, het Wallaardt Sacrékamp en een waldlager op landgoed De Paltz. In het Wallaardt Sacrékamp zijn de elementen van het waldlager nog goed te zien.
• Werften (onderhoudswerkplaatsen), hangars en de Duitse Mess werden aan de voet van de Soester Berg gebouwd. Hiervoor werd de meeste bestaande bebouwing afgebroken, waardoor weinig te vinden is van de oudste periode van de luchtvaart.
• Ook de schietbaan en de fusilladeplaats dateren uit deze periode. Nu staat hier het monument ter herinnering aan ‘De 33 van Soesterberg’.
• Het spoorlijntje naar de voet van de Soester Berg werd doorgetrokken naar Kamp van Zeist, waar de landbouwafdeling van het leger (Landwirtschaft) zich bevond. Hiermee begon ook het landbouwkundige gebruik van de graslanden op de Vliegbasis, dat tot de jaren 70 duurde.
• In het dorp Soesterberg werd een Wehrmachtsheim gebouwd volgens typische nationaalsocialistische architectuur, het huidige ‘Officierscasino’.